En pratique ca me semble difficile, en tout cas pas agréable.
Premier point le dernier bus depuis Villa de Leyva doit être vers 17h.
Deuxième point, 3h, je n’y crois pas. Compter environ 4 heures, si ce n’est pas 5 avec les embouteillages.
Donc au mieux vous passez une après midi à VdL en arrivant à la gare routière avant 8h à Bogotá (bon courage, en plein dans les pires horaires pour la circulation).
Au final vous vous serez levé à 6h, revenu à votre hotel/logement à 21h30 au plus tôt, avec 8 h de bus plus la galère pour rejoindre la gare routière le matin (soit en bus bondé, soit en taxi bloqué dans le trafic).