Il n’y a pas à proprement parler de “gare centrale” et celle qui s’appelle “Tokyo station” n’est pas forcément la mieux placée pour loger.
Les trains pour sortir de Tokyo passent aussi par la gare de Shinagawa mais je déconseille d’y loger également, le quartier n’a pas beaucoup de charme (en dehors de quelques rues qu’il faut un peu connaître) et c’est surtout trop excentré. Tu seras du coup totalement tributaire des transports en commun pour visiter Tokyo.
Je recommande des quartiers bien connectés et sympas comme Shibuya pour pouvoir bien rayonner. Tu pourras visiter une bonne partie de la ville à pied et prendre occasionnellement le métro (dans lequel il n’y a pas forcément foule dans la journée, attention aux clichés qui veulent qu’à Tokyo tout le monde soit toujours serré comme des sardines, dans les faits, ça se vérifie assez peu, surtout quand on est touriste).