h hBonjour Ana,
Wahou, un vol le jour même de votre arrivée, vous êtes rapides ! D’ailleurs, vous commencez le jour même votre séjour dans la réserve Cuyabeno ? J’espère que vous n’aurez pas de retard pour pouvoir profiter de l’Amazonie. Le mieux reste un bus de nuit, c’est aussi pratique et bien plus économique. Sachez que les tours commencent le matin, le rendez-vous est généralement à 9h à Lago Agrio.
La réserve Cuyabeno est touristique en juillet et août. Le reste de l’année, c’est plus tranquille. Vous pouvez parfois réserver le jour-même mais je vous conseille plutôt de vous y prendre à l’avance pour avoir l’esprit libre en arrivant en Équateur. Si vous voulez plus d’authencité, je vous recommande Yasuni qui est plus sauvage à mes yeux. Il a des Lodges, des communautés et aussi des guides indépendants. Pour cette deuxième option, comptez au moins 5 jours car vous allez vraiment au coeur de la jungle à la frontière avec le Pérou.
Les J5 et J6, vous comptez louer une voiture ? Ou plutôt un hélicoptère ? Le rythme est très intense, vous risquez de surtout passer votre temps sur la route plutôt que de profiter des trésors naturels et culturels de chacune des régions visitées !
Pour information, Mindo n’est pas juste à côté de Quito. Comme cette forêt de nuage est réputée pour ses oiseaux, il faut y dormir pour profiter des colibris pendant votre petit-déjeuner ou des réserves au petit matin (ex : Milpe, Rio Silanche, etc.). Ensuite, vous devrez repasser par le nord de la capitale pour aller à Otavalo si vous voyagez en transport public. Bon, sachez aussi que la région d’Otavalo regorge de trésors (lagunes de Mojanda et de Cuicocha, train Tren de la Libertad, volcans Cayambe, Cotocachi et Fuya Fuya, cascade de Peguche, etc.). Ca serait bien d’avoir un peu plus de temps quand même. Si c’est juste pour le marché d’artisanat, sachez que vous en avez aussi un à Quito avec de très bons produits locaux. Ca peut être une alternative pour éviter autant de transport.
Pour le Cotopaxi, vous pouvez dormir à côté de l’entrée sud, c’est à mon avis le mieux au vu de votre rythme. Il y a plein d’hébergements pour tous les goûts et tous les budgets. Vous avez par exemple Rondador Cotopaxi qui est économique. Ils pourront vous amener à l’intérieur du parc pour que vous profitiez d’une belle randonnée. Ca sera aussi pratique pour enchaîner avec la lagune de Quilotoa.
Concernant cette dernière, je vous conseille aussi de dormir au bord pour en profiter au coucher et au lever de soleil, c’est souvent magique.
Les Galapagos, je doute que vous puissiez les rejoindre le soir. À ma connaissance, les vols sont le matin, le dernier étant autour de 14h. Est-ce que vous avez regardé sur internet ? Même réservé vos vols ? Ca m’intéresse s’il y a de nouveaux horaires. En tout cas, 3 jours entiers sur place, c’est très court aussi pour profiter de ce paradis naturel exceptionnel. Si vous aimez la nature, il faudra sûrement revenir 
J’espère que mes remarques vous aideront à affiner votre itinéraire. Le plus important est peut-être d’alléger un peu le rythme pour profiter pleinement de chaque trésor.
Amicalement,
Léon
