Salut Mathilde,
Il donne super envie ton message, alors comme répondre c’est partir un peu… je réponds 
De manière générale je trouve que ton itinéraire est cohérent et bien équilibré. Voilà cependant quelques suggestions pour faire encore mieux (enfin j’espère !).
La région du Northland mérite 5 jours (ou plus !) afin d’explorer la Waipoua Forest (les kauris), l’Hokianga Harbour (c’est beau), le Cap Reinga (c’est très beau et il y a des belles possibilités de randonnées), Te Paki (de spectaculaires dunes de sable géantes) et la Baie des Iles. La région au nord d’Auckland est très belle et souvent délaissée car trop excentrée.
Les Marlborough Sounds sont également une très belle région : Queen Charlotte Track, French Pass, Motuara Island (réserve naturelle, observation d’oiseaux) et également la possibilité d’observer les dauphins. De plus il y a beaucoup de camping du DOC isolés dans les sounds (et des routes qui tournent !). Si tu décides d’explorer cette région ne manque pas le track du Mt Stokes (plus haut sommet de la région avec un panorama 5 étoiles).
Le parc d’Abel Tasman est un de mes parcs préférés (incontournable !). Il y a parfois des opportunités d’emprunter (ou de louer à prix d’ami) des kayaks dans les auberges de jeunesse ou auprès d’un habitant. Sinon c’est vrai que les locations “officielles” sont chères (comme tout ce qui est destiné aux touristes). En restant 5 jours dans cette région je te recommande d’explorer également la Golden Bay : Wharariki Beach, Spit et Cap Farewell et d’aller passer au moins une nuit à Totaranui.
A Wanaka je te recommande les marches de Rob Roy (forêt, glaciers, cascades) et Mt Roy (panorama superbe sur le lac Wanaka).
Les huts du Milford Track doivent être réservées très à l’avance… est-ce déjà fait ? Sinon il y a beaucoup d’itinéraires de randonnées intéressantes dans cette région, les plus connues étant Routeburn, Kepler, Rees-Dart, Greenstone, Caples, Hollyford, etc.
Compte tenu du début de mon message, il faudrait économiser quelques jours ailleurs sur ton itinéraire. Je trouve que tu pourrais visiter plus rapidement le sud et l’est de l’île. La région des Catlins et de la péninule d’Otago est très belle, cependant je pense que tu pourrais déjà bien l’explorer en 3 jours. La route Dunedin - Christchurch est moins intéressante (quelques arrêts photos), en revanche il faut aller voir le Mt Cook et le lac Tekapo.
Lors de ta 2ème traversée de l’île du Nord il y a 2 options qui sont super intéressantes :
- La Whanganui Journey (descente en canoë de 3-5 jours sur la rivière Whanganui)
- Le track du lac Waikaremoana dans le Te Urewera National Park (3-4 jours dans une magnifique forêt)
Sinon le choix du Tongariro Northern Circuit est excellent. A Rotorua tu peux aller dans le centre thermal de Waikite. Mais il existe des hot pools dans tout le pays et surtout pour tous les goûts (du très aménagé au totalement sauvage). Le site http://www.nzhotpools.co.nz te permettra de trouver l’eau chaude qui te convient 
Les mouches des sables sont effectivement désagréables. Tu trouveras des répulsifs sur place, parfois il est préférable de se déplacer de quelques kilomètres pour les fuir (de ce point de vue le track de Milford est assez “risqué” !).
Bonne continuation dans tes préparatifs
Pascal