Bonjour,
Pour Tokyo, nous avions loger dans au AJ dans le quartier d’Asakusa (http://letiguti.wordpress.com/tag/hebergement/)
Pour Tokyo, nous avions fait 5 jours de visite des différents quartiers (avec une journée à Kamakura, et vous pouvez aussi faire une journée à Nikko).
Si vous souhaitez voir Kyoto aussi, 4-5 jours minimum sont nécessaires (car il y a énormément de temples et de lieux alentours assez typiques à visiter)
Par exemple : 1 journée à Nara, 1 Journée au Tofukuji (les torii rouges et une vue panoramique de Kyoto), 1 journée (Arashiyma et Uji), etc.
Bonne organisation et bon voyage