Bonjour,
Je répond même si pour le coup je suis allé en Amazonie qu’au Pérou. En même temps, je ne suis pas certain que tu arrives a trouver quelqu’un qui ai fait l’expérience Amazonienne dans ces 3 pays 
Mon avis est que cela dépend de plusieurs critères :
Le temps : nous voulions visiter l’amazonie en Bolivie, mais saison des pluies oblige, nous avons retardé le moment pour le faire au Pérou. De la même manière, au moment ou tu y seras, le temps sera peut etre plus approprié en Bolivie ou Colombie.
Le Prix : Je suis pas certain que tu trouves beaucoup de routard qui ont visité l’Amazonie car c’est très chers. Nous avions pris une excursion qui nous a couté 240 euros / pers sur 3 jours (Après négo biensur). Il y avait moins chers environ 100e, Mais pour ce prix, il n’y avait pas de trajets en bateaux, moins de choses à voir …
Le moyen de transport :
Colombie : Leticia > Accessible en Avion. Le prix des vols en Colombie n’est pas très élévé. Donc c’est celui que je peux te conseiller si tu y vas en Avion
Pérou : Si tu as du temps, je pense que l’option d’aller a Iquitos en Bateau doit être TOP ! mais il faut plusieurs jours pour y aller.
Puerto Maldonado : C’est l’endroit que l’on a choisi. 10h de trajet en Bus de Nuit depuis CUSCO pour moins de 30euros et vous arrivez le matin en Amazonie !
Bolivie : Rurrenabaque, on devait aller la-bas car semblait le plus accessible et avec le plus d’options de visites mais le temps était pas TOP. De plus, ce n’est pas conseillé d’y aller en bus …
Bref, je te laisse voir les options mais ton choix pourra se modeler une fois sur place 
http://carnetdecuriosites.com/puerto-maldonado-3-jours-au-coeur-de-lamazonie-peruvienne/