Bonjour et beau projet de voyage!
Si Tokyo vous inspire, vous pouvez très bien passer vos 2 semaines dans cette ville (il y a tant à faire!) avec la possibilité de faire quelques excursions à la journée (Kamakura, Nikko…). Vous pouvez peut etre louer un Air B&B si vous préferrez cela à un hôtel, voire séjourner dans deux districts différents (par exemple une semaine sur Shibuya ou Shinjuku, une autre sur Asakusa ou Ueno, etc.). Après pour les conseils sur l’hébergement, cela dépend de votre budget.
Mars et avril sont de belles périodes mais il peut y avoir la foule si vous tombez pendant la période des cerisiers en fleurs. Evitez début mai, lors de la Golden Week, où tous les Japonais sont en vacances (hôtels et trains pleins - mais d’un autre côté si vous restez sur Tokyo cela pose moins problème). Juin peut être déjà chaud et humide (c’est le début de la saison des pluies). Personnellement, je suis partie plusieurs fois mi-mai pour 2 semaines et j’ai toujours trouvé cela une bonne période.
Pour les vols, mieux vaux faire des simulations à différentes dates pour voir les meilleurs tarifs. Un vol direct aura tendance à être plus cher qu’un vol avec escale… mais c’est le compromis entre prix et moins d’heures de trajets.
Si vous souhaitez bouger un peu (par exemple passer 8-10 jours sur Tokyo et le reste sur Kyoto ou Osaka), considerez arriver sur Tokyo mais repartir depuis Osaka.