La question est un peu vaste… C’est à peu à vous de tracer dans les grandes lignes ce que vous voulez faire.
En cette période, éviter la pluie, globalement, ce ne sera pas possible. Ce n’est pas pour ça qu’il pleuvra tous les jours mais, en effet, ce n’est pas la bonne période question météo (car en plus de la pluie, il fait chaud et moite).
Je conseille évidemment les grands classiques, et en prenant son temps puisqu’il s’agit d’un séjour relativement long : 7 jours à Tokyo intra-muros, 4 à Kyoto intra-muros. Ensuite, il y a plein d’options possible selon ses centres d’intérêts (villes ? compagne ? montagne ? volcans ?) et la manière dont on souhaite se déplacer (avion, train, bus, voiture…). Je déconseille par ailleurs les enchaînement trop rapides d’un trop grand nombre d’étapes.
Sur le forum tu trouveras des gens qui t’aideront à peaufiner ton programme mais ce n’est pas une agence de voyages, on en te donnera pas un itinéraire complet, c’est à toi de l’esquisser. J’imagine que tu as une vague idée de ce que vous voulez voir et faire en allant au Japon quand même…