Bonsoir,
Lorsque vous dites Gare de St Apo, vous faites bien référence à la gare de Santa Apolonia de Lisbonne ?
Il y a bien des consignes où vous pourrez laisser vos bagages, dans la gare de Lisboa Santa Apolonia. Infos ici tout en bas : http://cp.pt/cp/displayPage.do?vgnextoid=dedaf9e12a584010VgnVCM1000007b01a8c0RCRD&lang=en (site de la compagnie ferroviaire du Portugal).
Concernant les lieux à voir absolument en 2 jours, je peux vous suggérer :
1ère journée : Les quartiers Baixa et Chiado (pour découvrir la Praça do Comercio, la Praça Dom Pedro IV, l’Eglise du Carmo, l’Elevador de Santa Justa, la Praça da Figueira, les quais, le Tage, la Praça dos Restauradores, etc) et le quartier du Bairro Alto (découvrir les elevadors da Bica et da Gloria, le Miradouro de Sao Pedro de Alcantara). N’hésitez pas en soirée à vous promener dans le quartier de la Baixa afin de découvrir les bâtiments illuminés !
2ème journée : Le quartier de Belém (la Tour de Belém, le monastère des Hiéronymites, le Padrão dos Descobrimentos (le monument des Découvertes) et le Jardin Tropical, mais aussi goûter les succulentes Pasteis de Belém). Pour vous rendre à Belém, vous pourrez emprunter le tramway n°15E, qui se prend sur la Praça da Figueira ou sur la Praça do Comércio. Vous pourrez descendre aux arrêts « Belém » ou « Mosteiro Jerónimos » (plus d’infos :http://www.carris.pt/en/tram/15E/ascendente/). En milieu d’après-midi, je vous conseille de revenir dans le centre-ville de Lisbonne afin de découvrir la quartier de l’Alfama, ses ruelles et son château Sao Jorge.
Si ce programme est trop conséquent, je vous suggère de le modifier en fonction de vos goûts, capacités physiques, etc.
Plus d’infos : http://www.visiterlisbonne.com/sites-touristiques
N’hésitez pas à utiliser les transports en commun pour vous déplacer plus rapidement (métros, tramways, bus, etc), la ville est très bien desservie par son réseau de transports en commun dense et efficace.
Bonne soirée ! 
Adeline.