Tout dépend de votre adresse de destination.
Si vous arrivez à Newark et logez à Manhattan, les transports en commun vous reviendont plus cher si vous choisissez de les prendre (train + métro, par exemple).
Depuis JFK une formule équivalente , en métro ne coûte que l’Airtrain (5$), le reste du trajet en métro étant compris dans la metrocard que vous ne manquerez pas d’acheter.
Si vous optez pour une formule en transfert par bus ou shuttle, c’est équivalent.
Si vous choisissez le taxi, il vous en coûtera plus cher depuis Newark que depuis JFK.
Si vous désirez loger dans une autre circonscription de NY (Queens ou Brooklyn) vous aurez tout avantage à arriver et partir de JFK.