Bonjour,
La solution la moins onéreuse, mais la plus longue (…), est de prendre un bus des lignes régulières :
Meinfernbus http://meinfernbus.de/
Flixbus https://www.flixbus.de/
Sinon, vous pouvez tenter le co-voiturage, qui est très fréquent sur ce trajet : http://www.mitfahrgelegenheit.de/
Enfin, vous avez toujours la solution de l’avion, il y a des vols réguliers avec Lufthansa/Germanwings (même groupe, mêmes tarifs) qui restent très abordables si vous vous y prenez suffisamment en avance - perso j’ai justement booké un berlin-munich aujourd’hui pour le mois de mai pour 180 eur !
Ensuite, si vous restez dans Berlin et dans Munich, la voiture n’est vraiment pas nécessaire, vous vous déplacer principalement en tram ou en métro ; et si vraiment vous voulez faire une excursion, le réseau des trains régionaux est trés dense (S-Bahn ou RB).
Par contre, si vous voulez aller dans le sud de la Bavière depuis Munich pour plusieurs jours, alors vous devrez peut-être louer une voiture…