voici deja une carte interactive
un trajet “classique” est tokyo kanazawa (clique sur la carte pour visualiser les choses à voir)
trajet en bus pour takayama en passant par shirakawa go
puis trajets vers kyoto en train
une autre possibilite est tokyo matsumoto en train puis takayama via la montagne et un stop eventuel à kamikochi
si tu es branché rando ou via la vallée de kiso (vieux villages et rando)
puis bus pour kanazawa et enfin train kyoto
pour le pass tout n est pas possible avec un jr pass
sa rentabilite depend d ailleurs de la suite du programme
il existe aussi un pass local http://www.japan-guide.com/e/e2361_takayama_hokuriku.html
mais qui ne concerne qu un partie du trajet
derniere possibilite tu as l ame d un aventurier et tu loue une voiture pour faire une boucle
pour les bagages tu peux parafitement prendre le minimum et faire envoyer le reste à ton etape à kyoto ? garce au takkuybin
http://www.kanpai.fr/societe-japonaise/takkyubin-lenvoi-bagages-voyager-japonaise