Je ne connais pas celui-ci, sur l’art contemporain, un peu excentré à l’Est de Ginza :
Celui-ci est intéressant (y compris pour l’architecture), c’est le musée d’art moderne de Tokyo (très central, près de Roppongi) :
http://www.nact.jp/fr/
Sinon, il y a aussi le 21-21, musée de design à Roppongi (à côté du building Tokyo Downtown) . Je l’ai vu à son ouverture il y a quelques années, c’était un peu petit et moyennement intéressant, ça l’est peut-être davantage maintenant.
Enfin, toujours à Roppongi, ça vaut le coup d’aller tout en haut de la tour Roppongi Hills, très beau point de vue sur Tokyo (et presque pas de file d’attente) ; le ticket pour accéder à la terrasse est vendu avec la visite du musée d’architecture moderne à l’avant dernier étage (très intéressant). Je recommande bien sûr d’aller tout en haut pour la tombée de la nuit…
Concernant les musées d’armes en revanche, je ne connais pas…