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L'Archipel (rettô) compte officiellement 8 645 îles et doit pour beaucoup sa géographie au fait qu'il se trouve sur l'une des zones sismiques les plus actives au monde : la « ceinture de feu du Pacifique ».

L'Archipel s'étire du nord-est au sud sur quelque 4 000 km.

95 % du territoire est constitué par les 4 îles principales, du nord au sud : Hokkaïdo, Honshu, Shikoku et Kyushu. Plus au sud s'étendent les arcs insulaires des Ryukyu (ou Okinawa) et des Izu-Ogasawara (ou Bonin).
Montagneux aux 3/4, le pays abrite 270 volcans, dont 190 éteints... Dans la partie centrale de Honshû, trois chaînes transversales (les monts Hida, Kiso et Akashi) forment les « Alpes japonaises », séparant un « Japon de l'Endroit » (Omote-Nihon), où se trouve la capitale, et un « Japon de l'Envers » (Ura-Nihon), dont la façade maritime donne sur le continent. Leurs sommets dépassent légèrement les 3 000 m. Ailleurs, les montagnes atteignent rarement 2 000 m. Le mont Fuji (Fuji-san), point culminant de l'Archipel, est un splendide volcan conoïde éteint depuis le XVIIe sièclet qui avoisine les 3 800 m.

Seul 1/5e du territoire est habitable. Il est constitué de piémonts (4 % de l'ensemble de la superficie du pays), de plaines hautes (12 %) et de plaines basses (13 %). La plus grande plaine, celle du Kanto (région de Tokyo), occupe moins de 15 000 km². Le sous-sol de l'archipel est pauvre en matières énergétiques : ni gaz ni pétrole, peu de charbon.

Longues de 30 000 km, les côtes nippones sont le plus souvent escarpées. Elles se jettent dans les fosses qui entourent l'archipel, dont certaines peuvent descendre au-delà de 10 000 m.

Le Japon, un territoire hostile

Situé au carrefour de 4 grandes plaques tectoniques, dont les chevauchements créent de formidables pressions sur l'écorce terrestre, le pays a surtout connu quelques tremblements de terre (jishin) dévastateurs et des éruptions volcaniques mémorables.

La résistance aux secousses fortes des immeubles élevés fait l'objet de contrôles obligatoires et réguliers. L'Archipel continue de faire figure de modèle en matière de détection et surtout de prévention des tsunamis.
Sur les 80 volcans en activité dans l'Archipel, seulement une vingtaine se sont manifestés de manière sérieuse depuis le début du XXe siècle...

En mars 2011, le séisme de magnitude 8,9 suivi d'un tsunami dévastateur a causé la disparition de 23 000 personnes. Les autorités japonaises, après avoir tenté de minimiser les faits, ont réévalué la catastrophe nucléaire au niveau 7, niveau le plus élevé.
Plus généralement, le spectre d’un énorme tremblement de terre plane toujours au-dessus du Japon, qui subit 20 % des séismes les plus violents enregistrés dans le monde. De plus, les sismologues attendent encore, entre autres, le « Big One », le séisme du Tokai qui se produit tous les 150 ans...

En juillet 2018, l’archipel fut touché par une nouvelle catastrophe naturelle. Des pluies torrentielles durant 4 jours ont entraîné des inondations et glissements de terrain mortels dans l’ouest et le sud du pays. Le temps qu’ont mis les autorités à réagir amène aujourd’hui la population à critiquer le gouvernement de Shinzo Abe.

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