Sur trois semaines, il n’est pas certain qu’un JR Pass soit rentable. Mais tu ne dis pas non plus combien de temps tu comptes rester à Kyoto, qui sera la seule grosse ville de ton étape a priori, et pour laquelle la voiture pourra être problématique (en tout cas, inutile).
Je ne sais pas s’il est intéressant d’aller à Nikko avant d’aller à Tokyo. A mon avis, il vaut mieux que tu termines ton périple à Tokyo et que, depuis Tokyo, tu imagines un séjour d’un jour ou deux sur Nikko.
La voiture pour découvrir le Japon est formidable, mais évidemment, il faut prévoir large en timing. A cinq, ce sera forcément plus économique qu’en train, mais il ne faut pas s’imaginer faire des étapes du genre Kyoto-Tokyo sur une demi-journée comme on fait un Paris-Lyon. Il faut au contraire prévoir des étapes intermédiaires comme, justement, Hakone. Mais il peut aussi y avoir un stop dans les Alpes japonaises.
A mon avis, tu te poses beaucoup trop tôt les questions concernant les moyens de locomotion, tu prends le problème à l’envers. Etablis d’abord un vague programme, avec le nombre de jours que tu prévois dans telle ou telle ville, et tu verras ensuite ce qui est le plus adapté.