Salut,
Je connais les deux destinations. Je suis allé 3 fois en Thailande (beaucoup d’endroits visités) et je viens de revenir d’un voyage en Indonésie (seulement sur Bali et les îles Gili). Je te conseille sans hésiter la Thailande! Tu trouvera des paysages plus jolis qu’à Bali et qu’aux îles Gili (par exemple à Koh Tao). Même si le top du top pour les plages serait les Philippines.
La cuisine indonésienne est bonne mais pas autant que la thai (à mon avis la meilleure cuisine qui existe). Niveau budget, le rapport qualité-prix des hotels est généralement meilleur en Thailande (surtout par rapport aux îles Gili). Dans les deux pays, je te conseille d’éviter les restos à touristes (souvent avec rabatteurs) et d’aller dans les bistros d’apparence modeste et un peu excentrés (largement moins cher et souvent bien meilleur), ce qui diminuera beaucoup tes dépenses.
Je pense que Bali n’est qu’un attrape-touriste géant, pollué et avec des paysages assez moyens. Tu sera harcelé par les chauffeurs de taxi et les vendeurs de manière plus importante qu’en Thailande. Honnêtement, j’ai rencontré à Bali et aux Gili un niveau de “pécuniérisme” et de malhonnêteté que je n’avais jamais vu dans aucun autre pays. La plupart des gens sont intensément intéressés par ton argent au point d’être très sournois malgré une première approche (trop) amicale. Les tentatives d’arnaque existent à tous les niveaux, (dans mon cas même de la part des employés des grandes compagnies aériennes) et tout est bon pour gratter des dollars aux touristes. En conséquence il faut rester vigilant tout le temps, ce qui est épuisant. En Thailande, les relations sont également très souvent basées sur l’argent mais c’est bien plus facile à vivre. Les services y sont souvent de bien meilleure qualité. En indonésie, il arrive très souvent qu’on se foute de ta gueule une fois que tu as payé et il faut alors devenir très sec pour obtenir ses droits.
On a finalement écourté notre séjour en Indonésie (!)
Le seul avantage que je vois à l’Indonésie est la plongée (à ce qu’il paraît il y a des sites incroyables, notamment à Komodo où en plus tu peux voir les dragons).
J’espère avoir pu t’aider même si mon avis sur Bali est assez négatif (mais franc). Bonnes vacances 
