Bonjour,
Je n’avais pas répondu la première fois, donc voici mon avis 
Hakone et Nikko, je ne connais pas. Nikko est parait-il très chouette, notamment pour son temple. Plutot que Hakone, j’ai choisi d’aller au Kawaguchico, moins touristique a priori. On a pris un bus à Shinjuku, et on a fait une chouette balade pour monter au sommet de la coline pour avoir la vue sur le Mont Fuji. Ensuite, pique nique au bord du lac (bento acheté au conbini). Franchement une journée sympa, à condition qu’il fasse beau (s’il y a des nuages, on rate le Mont Fuji)
Miyajima et Koya-san, j’ai visité les 2, et les 2 sont completement différents.
Miyajima est une très belle île, ça vaut le coup de dormir sur l’île, pour profiter d’un chouette ryokan, mais aussi pour voir l’île le soir sans touristes. Randonnée sur le Mont Misen est très sympa aussi, magnifique vue depuis la haut. Si tu vas à Miyajima, profites en pour visiter Miyajima, la ville est très sympa, et malheureusement on n’en parle pas trop dans les guides. QUelques infos ici : http://www.loeildutako.com/tourisme-hiroshima-safari
Koya-san, c’est une expérience compétement différente. Dormir dans un temple vaut franchement le coup, on vit un truc completement hors du temps, et on teste une délicieuse cuisine. La visite des différents temples est très interessante, et la visite du cimetière franchement émouvante, on est vraiment dans un autre monde.
Ce n’est que mon avis, mais a choisir entre les 2, je choisirais Koya-san, plus dépaysant.
Sinon, je trouve que 3.5 jours à Kyoto c’est vraiment court. Et 0,5 jour à Osaka c’est d’autant plus court, il vaut mieux 2 jours.
Pour Osaka, passez au moins une soirée, la ville est vraiment sympa le soir. Et partez à Kyoto le lendemain.
A propos, le Koya san est plus facilement accessible depuis Osaka que depuis Kyoto.
Mais au final, le choix vous appartient. Il faut voir ce que vous voulez vraiment voir dnas chaque lieu pour définir le nombre de jours necessaire pour ces visites. Vous verrez ainsi combien de jours rester à chaque endroit.
Mais voila, vous avez mon avis 