Ça dépend un peu de ce que tu cherches…
Si tu cherches du neuf, il y a les Tower Records. Il y en a au moins un à Shibuya et un à Shinjuku. Personnellement, je préfère celui de Shibuya (à 5 grosses minutes à pied au nord de la station). Beaucoup de disques sont en écoute, avec des bornes qui fonctionnent (ça change des FNAC françaises !).
Si tu cherches des disques anciens, c’est plus difficile, il faut fouiller pas mal, plutôt vers Roppongi ou Akihabara.