Un mini projet très classique qui va bientôt prendre forme ! 
Pour améliorer votre projet, voici ce que je peux préciser.
Le 19, ce sera le Earth Day avec son lot d’animations gratuites à Unuion Square que vous n’avez pas noté mais qui me semble être une adresse incontournable sans même fair référence à cet événement annuel.
Vos dates ne s’inscrivent pas dans un calendrier événementiel très intéressant.
C’est la seule animation qui sera accessible sans rien dépenser.
Ne passez pas à côté ce d’autant que vous semblez revenir à NYC sans vraiment vous offriir de nouveautés si ce n’est le site du 9/11 qui prend sa configuration finale.
En 2009, ce n’était encore qu’un chantier qui tentait de combler le trou béant.
Donc, pour optimiser ce séjour, tout en conservant votre réservation vers Liberty Island, voici ce que je vous propose.
Le J11 (19), dimanche, vous ne devriez pas faire Midtown (mort avant 11 h) avec l’église de Saint Patrick occupée par l’office du matin.
Comme vous serez levés tôt, Allez à Brooklyn Heights, faites Dumbo etc au calme.
Traversez le pont et, arrivés au City Hall, prenez le métro jusqu’à Astor Place.
Visitez ce secteur intéressant de par ses architectures et ambiances.
Remontez jusqu’à Union Square à pied.
Les animations commencent vers 12 h.
Remontez à pied jusqu’au Flatiron / Madison Square Park.
Vous devriez avoir le temps de prendre le métro pour vous rendre à Central Park qui sera encore animé.
Sortez en par la 5th Ave.
Descendez en une partie.
Finissez à Times square, à mon avis pas trop tard ! 
Le J2 (20), faites ce que vous avez prévu en partie la veille.
Montez au TOR le matin. Ensuite Rockefeller Center, Saint Patrick , et les environs.
Dans l’idéal, descendez sur la 42nd pour y découvrir les spots basiques : Chrysler, Grand Central, Public Library, Bryant Park.
Là, prenez le métro (ligne 7) qui vous mènera à l’Hudson yards.
C’est un quartier nouveau où se trouve le Edge (la plus haute plateforme d’observation de NYC), le Vessel, Le Shed (+ centre commercial), le Spur et le départ de la High Line (nord). Descendez la jusqu’au Chelsea Market.
Je pense que ce sera le temps de revenir via le M12 (bus qui remonte le long de l’Hudson) au Pier 83 pour votre croisière.
Si vous avez encore un délai pour voir autre chose sur place avant 17h 45 / 18 h, descendez dans la station de métro qui fait l’angle de la 14th et la 8th Ave pour découvrir le monde sous-terrain de Tom Otterness.
J3 (21) : Liberty et Ellis Island.
Pensez à passer à Bowling Green avant de vous présenter à Castle Clinton.
Retour sur le Financial District et direction site du 9/11.
Une fois toutes les adresses mémorielles exploitées, passez par le Liberty Park où a été installée la sphère de Koening, rescapée de l’effondrement des tours. Traversez via la passerelle couverte jusqu’au WFC à Brookfield Place. Vous serez dans la palmeraie et, en sortant, à la Marina.
Je vous recommande de remonter Battery Park City jusqu’au monde enchanteur de Tom Otterness.
Pier 25 a peu d’intérêt pour les touristes lors d’un premier séjour.
Si vous avez le temps (j’en doute) vous pourrez toujours vous y rendre. Vous seriez dans le bon sens.
Comédie musicale Broadway.
Le J4 (22) : Consacrez cette journée aux Villages.
Organisez dans l’ordre qui vous convient, mais dans une logique de boucle économe en pas, Washington Square Park, West et Greenwich Village, Soho( castirons), Nolita, LES et East Village.
Remontez sur Midtown pour la montée à l’ESB de nuit, imaginant que vous pourriez découvrir les alentours de Herald Square avant.
Le LES est un spot de Street art.
Si cette forme d’expression ne vous intéresse pas, vous pouvez ne pas y aller.
East Village ne pourrait être fait qu’en diagonale.
J5 : comme je vous ai concocté un programme réaliste si on est bon marcheur et qu’on ne s’arrête pas pour faire du shopping, vous pourriez profiter de ce dernier jour pour faire ce qui est noté et n’a pu être réalisé pour des questions de rythme qui vous est propre.
Toutes les jonctions en transport en commun sont facilitatrices.
Elles impliquent que vous achetiez la metrocard en illimité.
Elle sera vite amortie.