Salut Mary,
Je vais essayer de répondre rapidement car ta question est quand même assez large 
Le billet sera très souvent moins cher car Kuala Lumpur est un gros hub en Asie.
En 4 semaines t’as vraiment le temps de quoi faire, tu pourrais vraiment faire un tour genre 2-3 semaines sur la péninsule et 1 semaine sur Bornéo.
Au niveau du patrimoine tu ne seras pas en Inde mais tu ne seras pas non-plus aux Philippines, il y a de très belles villes historiques telles que Penang ou Melaka par exemple.
Enchainer rando et plage c’est toujours possible en Asie car c’est souvent de la jungle qui borde les plages, après ça ne sera pas de la grande randonnée (forcément); par contre tu as des belles randos à faire dans divers endroits du pays (Taman Negara, beaucoup d’autres sur Bornéo).
Si tu veux en savoir plus sur la Malaisie de façon globale j’ai écrit un petit guide sur la Malaisie disponible ici:
Présentation Malaisie
Pour la plongée l’Indonésie serait sûrement mieux mais seulement si tu as un très bon niveau et que tu ne fais que ça, si c’est pour faire de la plongée tranquille la Malaisie et l’Indonésie ça sera vraiment kiff-kiff, pareil pour le snorkeling.
Pour voir des animaux la Malaisie c’est top grâce à Bornéo.
L’Indonésie pour moi c’est plus sauvage, il y a des volcans, il y a des trucs vraiment dingues mais forcément ça prend plus de temps.
La Malaisie c’est plus beaucoup plus facile de se déplacer et de voir beaucoup de chose en un laps de temps plus court, et l’avantage si t’as 1 mois c’est que tu peux te permettre de facilement passer par Bornéo et ça sera vraiment dingue pour toi.
Brice
http://worldwildbrice.net/