Baltra est une petite île située au nord de Santa Cruz. Elle est dit être la porte d’entrée des Galápagos, car jusqu’en 1986 elle possédait le seul aéroport des Galápagos. Elle est la seule à ne pas appartenir au parc national. Elle présente une flore similaire à North Seymour avec des cactus et des arbres palo santos. Elle est toujours une base militaire.