Le temple d'Apollon est le plus important du sanctuaire. Ce temple édifié au IVe siècle av. J.-C. était le troisième à être construit, les séismes ayant ravagé les deux premiers. C'est là qu'officiait la pythie, à qui l'on venait demander conseil pour entreprendre un voyage, préparer une guerre ou une expédition, un mariage, etc.