En dehors d’Asunción, les soins médicaux ne sont pas garantis. En cas de maladie ou de blessure grave, il est préférable de se faire soigner à Buenos Aires.
Aucune vaccination n'est obligatoire. Cependant, le vaccin contre la fièvre jaune est fortement recommandé. Par ailleurs, les vaccins contre la fièvre typhoïde et l'hépatite A sont conseillés, en plus des vaccinations universelles (diphtérie, tétanos, coqueluche, poliomyélite, hépatite B).
Le paludisme (la malaria) est pratiquement inexistant au Paraguay, mais il faut tout de même être prudent, notamment à proximité de la frontière avec le Brésil. La fièvre jaune et la dengue peuvent sévir l'été (celui de l'hémisphère sud). Se méfier donc des piqûres de moustiques. Des vêtements couvrants et un produit anti-moustiques pour pays tropicaux sont recommandés, autant de produits que l'on trouvera plus facilement en France que sur place.
On évitera de consommer les crudités, les viandes non cuites, les fruits non pelés, les jus de fruits achetés dans la rue et les glaçons, ainsi que la consommation d'eau du robinet. On évitera aussi de se baigner dans les lacs et rivières, et dans la baie d'Asunción.
Comme partout, les précautions élémentaires sont de rigueur : laisser passeport, billet d’avion et objets de valeur à l’hôtel (si possible dans un coffre), garder sur soi des photocopies de ces documents et le minimum d’argent, ne pas porter ostensiblement d'objets de valeur, faire attention aux distributeurs de billets, etc.
La corruption est importante. Il faut être vigilant vis-à-vis de la police qui ne protège pas toujours la population ou les touristes. Les Paraguayens affirment parfois même que les policiers sont les dernières personnes à qui il faut demander de l’aide en cas de besoin.
Il est déconseillé de circuler de nuit, notamment sur les axes reliant Asunción à Ciudad del Este et à Encarnación, et sur la route Transchaco.
Dans les villes, dès que le soleil se couche, les rues se vident rapidement et les habitants des bidonvilles viennent en bande dans le centre-ville pour fouiller les poubelles. La nuit, on évitera certains quartiers d'Asunción : le Mercado Cuatro, le bidonville de La Chacarita et les faubourgs (San Lorenzo, Luque, Nemby)..
La plus grande prudence est de mise dans la région du Chaco. Ne jamais partir sans réserve d'eau et de carburant.
Le département de San Pedro est réputé pour être une zone dangereuse, où l'on prendra là encore des précautions. Il en va de même dans 2 zones frontalières avec le Brésil, autour des villes de Pedro Juan Caballero (département d'Amambay, au nord-est du pays) et Ciudad del Este (département du Haut-Paraná, au sud-est).
Les infractions à la loi sur les stupéfiants sont sévèrement punies (peines allant de six mois à vingt-cinq ans d’emprisonnement). La détention de tout type de drogue (la méthadone est assimilée à de la drogue), même en quantité minime, est passible de lourdes peines. Les conditions de détention sont très précaires au Paraguay.
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