Il n'y a qu'une compagnie aérienne, Air Namibia, et elle dessert seulement la côte et le Nord. Quant aux lignes de chemin de fer, il n'y en a que 2, une nord-sud et une est-ouest. Les taxis-brousse et les lignes de bus régulières desservent également le même axe. Enfin, le stop est très peu pratiqué par les touristes et ne fonctionne pas forcément très bien.
Il reste donc la voiture de location.

Voiture de location

Il est assez difficile de se déplacer en Namibie si l'on ne possède pas de véhicule. Le permis de conduire international est nécessaire, sinon un permis de conduire français avec traduction officielle en anglais.
Les routes et les pistes sont en excellent état, très bien signalisées, et le réseau couvre quasiment totalement le pays. Il est toutefois recommandé de louer un véhicule 4x4 pour emprunter les pistes.
Sur les routes comme sur les pistes, de nombreux accidents ayant impliqué des touristes, la plus grande prudence est de mise. Sur piste, ne pas dépasser les 80 km/h. Avoir aussi sur soi des réserves d'eau et de nourriture, une roue de secours, ainsi qu'un kit de premiers secours.
Taux d'alcool toléra au volant : 0 g/L. Attention, les contrôles sont fréquents.

À Windhoek 

En train

Le train est le moyen de transport le plus lent mais aussi un des moins chers qu'on puisse trouver en Namibie. La ligne nord-sud dessert de Grootfontein à Upington (Afrique du Sud) et la ligne est-ouest de Walvis Bay à Gobabis.
Renseignements et réservations auprès de Transnamib Holdings.

En bus

La seule ligne de bus régulière est Intercape. Départs sur le parking central d'Independence Avenue à Windhoek. On peut réserver à l'avance, ou bien se présenter directement au départ du bus, mais avec le risque de ne pas trouver de place.
Les tarifs sont variables en fonction de la disponibilité, de la date et des conditions de réservation.
- De/Vers Swakopmund et Walvis Bay : 4 liaisons par semaine.
- De/vers Victoria Falls : 2 liaisons par semaine.
- De/vers Le Cap, Johannesburg, Pretoria et Upington : 4 liaisons par semaine.

En taxi collectif

C'est l'un des moyens de transport les moins chers, mais les taxis sont souvent impliqués dans des accidents de la route.
Il existe des taxis classiques avec compteur et des taxis collectifs dont le prix de la course est fixe mais qui peuvent parfois faire de longs détours entre votre point de départ et votre destination. Les taxis ne partent que lorsqu'ils sont complets. Tarifs variables et négociables.
Les taxis collectifs desservent les grands axes. Si vous partez vers le nord ou vers Swakopmund, les départs se font en face de l'hôpital de Katutura, à l'embranchement de la B1. Pour le sud, les départs se font à Rhino Park.