L'avion

L'avion ne concerne que fort peu de destinations nationales : il peut toutefois s'avérer pratique pour gagner les îles de l'ouest. Au départ de Pärnu, Air Livonia dessert la magnifique petite île de Kihnu (sauf l'été), classée par l'Unesco, ainsi que Ruhnu et Kuressaare (sur Saaremaa).

Le train

Le train est d'un intérêt très limité : nombre de lignes et de gares ont été fermées depuis l'indépendance. Les trains sont peu fréquents, vieillots et plutôt lents. Seuls valent le coup les services de Tallinn vers Pärnu et Tartu.

Le bus

Le bus, à peine plus cher que le train, est le moyen de transport favori des Estoniens. Chaque ville et village est desservi, en particulier depuis Tallinn. Liaisons fréquentes. Les express (E) sont raisonnablement rapides, les omnibus d'une lenteur déprimante.
Les prix sont doux : un trajet Tallinn-Tartu coûte environ 100 Kr (6,50 €). Pensez à réserver le week-end sur les grandes lignes. Tous les pays voisins sont aussi desservis : environ 200 Kr (13 €) pour Riga (5 h 30 de trajet) par exemple, 390 Kr (25 € environ) pour Saint-Pétersbourg (8 h).

Les ferries

Les ferries permettent de gagner certaines îles, en particulier à l'ouest du pays (Saaremaa, Hiiumaa, Kihnu, etc.). Les passages sont assez fréquents pour les plus grandes, nettement moins pour les autres. On peut passer sa voiture sur les liaisons principales. Prix très abordables, en particulier pour les simples passagers (inclus avec le bus si vous venez de Tallinn). De nombreux ferries et hydroglisseurs desservent par ailleurs les ports étrangers de la Baltique : Helsinki bien sûr, mais aussi Saint-Pétersbourg, Stockholm, Rostock en Allemagne, etc. Le trafic n'est pour ainsi dire interrompu qu'en hiver.

La location de voiture

On peut aussi opter pour une location de voitures : soit réserver auprès d'une grande compagnie avant le départ (plus sûr mais plus cher), soit sur place auprès des compagnies locales (à l'inverse...).
Les routes sont dans un état assez variable en fonction des régions : plutôt bonnes vers Tallinn, médiocres aux abords de Narva (direction de la Russie). Dans la campagne, quelques routes ne sont pas goudronnées. Attention à la faune riche dans les forêts : n'allez pas vous faire couper l'élan par quelque élan !
La vitesse est limitée à 50 km/h en ville, 90 km/h sur les routes (parfois un peu plus), et les feux doivent être allumés tout le temps. Le taux d'alcoolémie est limité à... 0 % !