Aucun vaccin n’est exigé, sauf celui contre la fièvre jaune pour les voyageurs en provenance de zones à risques (certificat de vaccination obligatoire). Il est cependant recommandé d'être à jour de ses vaccinations universelles (DTCP - en particulier la poliomyélite -, hépatite B), et d'être vacciné contre l'hépatite A, la fièvre typhoïde et et la rage.
Les risques de paludisme (le Botswana étant situé en zone 3) sont particulièrement élevés en mars-avril en raison des pluies dans les zones touristiques du Nord où un traitement préventif est conseillé. Prévoir également moustiquaires et produits anti-moustiques.
Après l’Afrique du Sud, le Botswana est l'un des pays du monde les plus touchés par le sida. 25 % de la population serait infectée, et un adulte sur 3 serait séropositif.
Liée à l’épidémie de sida, la tuberculose est très répandue et la vaccination recommandée surtout chez les enfants. Mettre à jour les vaccinations diphtérie-tétanos-poliomyélite et hépatite A. À moins de vivre parmi les chiens ou les renards, le vaccin antirabique n’est pas nécessaire.
L’épidémie de choléra qui sévit au Zimbabwe s’est étendue aux régions frontalières du Botswana. Les voyageurs qui se rendent au nord-est du Botswana doivent respecter de strictes conditions d’hygiène : se laver les mains, ne pas boire l’eau de ville, manger très cuit.
On évitera de se baigner dans l'eau douce de surface en raison des risques de contractions de la bilharziose, et dans les cours d'eau du delta de l'Okavango (de toute façon
infestés de crocodiles qui peuvent atteindre quatre mètres de long).
Au cas où, une assurance-rapatriement est conseillée.
Même si le pays reste sûr, l’urbanisation s’accompagne, depuis quelques années, d’une augmentation régulière de la délinquance, parfois à main armée (attaque de fourgons de transport de fonds, cambriolages, vols à la roulotte et de véhicules...), notamment à Gaborone et Francistown. De nuit, il est préférable de ne pas se promener à pied. Comme partout, mieux vaut éviter les endroits isolés, le sac à main ou à dos avec appareil photo et portefeuille.
Dans les réserves, la faune sauvage est reine. Si vous êtes seul dans votre véhicule, ne le quittez sous aucun prétexte. Un lion, malgré son apparente indolence, peut vous charger à une vitesse fulgurante. Ne sous-estimez pas le danger que représentent les hippopotames, première cause d'accident en Afrique.
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