Il est très facile de traverser à partir de la suède en direction des pays baltes, il y a des navettes quotidiennes entre Stockholm et Tallinn...
Je l'ai fait deux fois lorsque j'étais en Suède et je n'ai eu aucun problème: tu pars vers 18 h de Stockholm, passe la nuit à bord du bateau et arrive vers 9-10 à Tallinn. Ca ne te revient pas plus cher, en général, qu'une nuit d'hôtel (si tu es étudiante il y a même des offres vraiment pas chères) ça te permet même de voir une partie de l'archipel de Stockolm !
Pour la durée de ton séjour, je connais seulement l'Estonie: j'ai visité Tallinn et Tartu mais je sais qu'il y a également des îles sympas et une station balnéaire dans le sud...mais franchement je pense que tu dois avoir le temps faire pas mal de trucs en deux semaines à travers ces trois pays...
Si tu veux plus de renseignements sur Stockholm, Tallinn, Tartu.. n'hésite pas !