Shinkansen depuis Tokyo ou depuis Shinakawa?

Je vais être logé près de la gare d'Ueno et je compte aller à Nagoya (même ligne que celle qui va à Kyoto) pour ensuite me rendre à Takayama.
J'ai deux possibilités pour prendre le shinkansen. 1/ Je prends la yamanote jusqu'à Tokyo, 2/ Je pousse trois stations plus loin et je prends le Shinkansen à Shinakawa. C'est cette deuxième solution qui est recommandée par Hyperdia mais je n'en vois pas la raison puisque la station Shinkawa est plus éloignée de Ueno que Tokyo. Quelqu'un sait-il si la gare de Shinakawa présente des avantages (taille, commodités...) par rapport à celle de Tokyo ?
Merci