Trajet 15 jours au Japon

Bonjour à tous,
Nous sommes des chanceux qui partons dans 3 semaines à la découverte du Japon, pour 15 jours !
En grappillant à droite et à gauche sur ce forum, j'ai constitué ce trajet:

Tokyo (ville et environs - 3 nuits)
Ville (4j) + Kamakura
Nikko (2j,1 nuit)
Hakone (1j, 1nuit)

Kyoto
Ville (4j)
Nara (1j)
Himeji (1j)
Kurama (1j)

Miyajima (1j, 1nuit Ryokan)

Osaka 1j puis départ

Quelques questions associées à ce trajet:
- des choses à privilégier, à ne pas louper?
- ma femme étant enceinte, nous préférons le point de vue sur le Mont Fuji que la rando, c'est pourquoi nous allons à Hakone. Est-ce que les Ryokan y sont réputés où mieux vaut-il préférer Miyajima ?
- la fameuse question du JR Pass. En regardant pour ces différents trajets à partir des prix indiqués sur le routard 2009, j'ai l'impression que ça revient à moins cher de prendre coup par coup que de partir sur un pass de 1semaine, voir 2 semaines. Est-ce que je n'aurais pas loupé un truc ?

Merci d'avance pour vos retours, arigatô

Ptitwill