trains au Japon

Bonjour à tous ! Mon amie et moi allons partir prochainement au Japon et nous avons un problème, on a beaucoup de mal à comprendre le système ferroviaire Japonais. Voici les trajets que nous allons faire en train :
Osaka (aéroport) -> Kyoto le 30 juillet
aller-retour à Nara entre le 31 juillet et le 3 aout
Kyoto -> Tokyo le 4 aout
1 journée au Mont Takao donc 1 aller-retour entre le 5 aout et le 8 aout
Tokyo -> Niigata le 9 aout et Niigata -> Tokyo le 15 aout.
Nous n'avons pas réussi à trouver ce qui serait le plus avantageux pour nous, de prendre un ou plusieurs pass ou bien de prendre les billets individuellement. Quelqu'un pourrait-il nous donner un avis sur la meilleure option ? Merci d'avance !