pas plus compliqué qu'en France...

...tu montes dans le bus, tu t'assoie et tu sors quand tu es arrivé(e) !

Les transports en communs sont très performants sur Java (attention, j'ai dit performants je n'ai pas dit, confortables ni pratiques), il suffit de regarder dans ton guide touristique pour trouver les liaisons qui t'intéressent.
Sur Bali et Lombok par de problème non plus, des bemos circulent sur toutes les routes et les destinations sont affichées sur le pare-brise avant.
Pour le ferry ce n'est pas très compliqué non plus, il suffit de prendre un billet à ketapang, gilimanuk, padangbai ou lembar et le tour est joué.

Le seul risque que tu prends c'est de mettre beaucoup de temps à retraverser Bali et Java à partir de Lombok, mieux vaut prendre un vol retour ou alors prévoir une boucle.