ce n'est pas compliqué du tout .. qui t'as dit ça ? tu seras en vacances, et il ya tout ce qu'il faut pour te retrouver , des plans, des gens, bref.. ce n'est VRAIMENT pas un souci !
pour ton hotel, il est bien noté sur le web, donc pas de soucis.. demande bien une chambre non fumeur ( si tu es non fumeur!).. tu devrais tester les logements traditionnels ( ryokan) .. et changer de quartier ( 3 jours à shinjuku et 3 jours à ueno par exemple).
pour relier l'aeroport à shinjuku, tu as 2 types de trains:
le narita express :
http://www.jreast.co.jp/e/nex/
tout est détaillé sur le plan de l'aéroport :
http://www.narita-airport.jp/en/access/train/index.html