quand je vais à kyoto, j'achète un pass buss-métro quotidien (devant la gare de kyoto). le plus souvent on doit prendre le bus car le métro dessert peu de lieux à visiter. on prend aussi souvent le train (ex fushimi au sud). pour avoir les horairs et coût des trains aller à: http://www.hyperdia.com/cgi-english/hyperWeb.cgi
pour le train on achète les billets le jour même, sur place. il y a énormément de trains à toute heure, et à rapidité variable (express, loal trains ...)
le jr pass est indispensable si vous vous vous déplacez n dehors de kyoto (sur le site indiqué au dessus, vous allez voir que le train est cher) bon voyage