Bonjour,
Je vous conseille vivement de regarder JR/EXPEDIA sur le site JR, de prendre note du coût de chaque trajet, de faire la somme et de comparer avec le prix du JR Pass. C'est le seul moyen de savoir si ça vaut le coup ou pas. Nous, par ex., nous l'avons pas acheté et ça a été la bonne solution.
Dans Kyoto, le JR Pass est inutile. Il faut se déplacer en metro ou bus.
Dans Tokyo, il peut vous servir eventuellement (cela dépend du lieu où vous séjournez) mais sincèrement je crois qu'il est beaucoup plus facile/pratique d'utiliser le metro (JR pass non valable) sinon vous serez limité aux quelques lignes JR.