Les deux pays sont éffectivement assez différents. La malaise est selon moins beaucoup plus développée et plus moderne que l'indonésie. Les bus longues distance c'est le grand luxe. Après tout dépend ce que vous aimez faire et le temps que vous avez? La Malaisie est beaucoup plus près de la Thailande et c'est un pays assez petit donc si vous avez peu de temps vous pouvez quand même voir plusieurs endroits.
Pour ma part j'irai en Indonésie parce que j'ai trouvé ce pays magnifique et beaucoup plus dépaysant. Si vous avez des questions plus précises n'hésitez pas.