Bonjour,
Votre itinéraire me semble faisable. Par contre perso je supprimerais le détour par Otavalo qui est très touristique par le marché de saquisili à cotès de latacunga qui l'est moins. Vérifiez le jour du marché, je crois que c'est le mardi ou mercredi.
Pour ce qui est de montée à la lagune av les transports en commun, ça ne peut se faire que depuis latacunga avec un départ très tot le matin et un retour dans l'après-midi. Ce sujet est abordé plusieurs fois dans ce forum.
Pour le reste, je ne changerai rien, j'ai passé 4 super jours aux cabanes nanambikii il y a 2 ans. Par contre, il faut réserver.
Bon voyage.