réserver aérien via agence où par internet

bonjour, je prépare pour novembre un voyage à la réunion et extension à rodrigues.
Pour de précédents voyages, il m'est déjà arrivé de reserver l'hébergement et location voiture par le net (jamais de problémes) mais j'ai toujours réservé par agence pour l'avion.
Avons nous plus de garanties en réservant l'aérien via une agence qu'en réservant directement sur le site de la compagnie aérienne où sur le site nouvelles frontières par exemple?
j'hésite aussi entre air austral et air france.
Pour rodrigues je penses qu'il n'y a qu'air mauritius et pas de direct réunion Rodrigues c'est via Maurice.
Merci