C'est un peu normal que vous ne trouviez pas comment se prononce Chania puisque la premiere lettre (et son) de ce mot n'existe pas en français!
ça se prononce comme la jota espanole dans "hijo" par exemple .

Heraklion: Iraklio (avec accent tonique sur le a)
rethymno = rethymno en roulant le r, th anglais comme dans "thing" et accent tonique sur le "e"
Kissamos= Kissamos accent tonique sur le i
Paleochora= accent tonique sur le 2eme o et "ch" comme dans "chania"
Santorin= santorini accent sur le premier i et "nt" prononcé légèrement "d".

De toutes facons ils sont habitués à entendre le nom de ces villes/villages prononcés par des étrangers donc pas de souci on vous comprendra!