Construits pour Éléonore de Tolède, épouse de Cosme Ier de Médicis, les jardins furent commencés par Niccolò Tribolo, qui cependant mourut en 1550, peu de temps après avoir accepté cette charge. Les travaux furent poursuivis par Bartolomeo Ammanati, qui utilisa pour ce projet les contributions de Giorgio Vasari, qui conçut les grottes, et de Bernardo Buontalenti qui sculpta les statues. On doit également à ce dernier l'architecture élaborée de la cour qui sépare le palais du jardin.
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