L'influence de l'Arabie proche se fait sentir au nombre des écoles coraniques et à la ferveur des insulaires. Vingt-neuf mosquées, pas une de moins, jalonnent la cité. De la plus ancienne, celle de Pawni construite à la fin du XIIIe siècle, à la grande et plus récente mosquée de Riyadha (1900), elles sont toutes aussi assidûment fréquentées.
Chaque année, vers le mois d’avril, la grande fête de Maulidi célèbre la naissance du Prophète. Des musulmans viennent de tout le pays et parfois même de l'étranger pour y assister. Un proverbe local affirme que le fait d'y participer vaut un demi-pèlerinage à La Mecque ! Fidèle aux mots d’Ibn Batouta, Lamu conserve ainsi une aura religieuse dans toute l'Afrique Orientale. Les ethnologues y voient l’héritage matériel et culturel des grandes familles arabes venues administrer les comptoirs swahilis — dont beaucoup affirmaient, à tort ou à raison, descendre du Prophète. Sous leur gouverne, les cités-États se livrèrent pourtant des guerres fratricides pour le contrôle du commerce à travers la mer du Zandj...
En 1506, elles succombèrent les unes après les autres à la fougue d’un nouveau conquérant : les Portugais, récents vainqueurs du cap de Bonne-Espérance. Tirant partie des rivalités entre clans, ils parvinrent à s’imposer près de deux siècles durant, ne cédant finalement qu’en 1698. À la chute du dernier bastion lusitanien, le fort Jésus de Mombasa, seuls treize des trois milles hommes de la garnison étaient encore en vie !
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