À Luzon, on a le choix entre les jeepneys, les bus publics et les taxis. On trouve également de nombreux tricycles, ces motos équipées de side-cars. Il faut négocier le tarif avant le départ. À Manille, on utilise le métro (MRT pour Metro Rail Transit) en plus de ces moyens de transports, mais le mieux est encore de découvrir la ville à pied. Le MRT et le Light Rail Transit servent à relier Manille aux autres villes du Metro Manila (l'agglomération de la capitale).
À Cebu, on opte pour les bus (moins confortables que ceux de Luzon), les minibus, les taxis publics ou les jeepneys.
Palawan et ses villes sont traversés par de nombreux side-cars. Les routes sont aussi fréquentées par des bus et des jeepneys.
À Boracay, la plupart des distances se couvrent à pied. On peut aussi louer des vélos, des motos ou des « tricycles ».
À Bohol, on utilise des bus publics, des taxis, des jeepneys et des tricycles.
À Mindoro, on se déplace en tricycles et en jeepneys.

Avion

L’avion dessert les villes principales, mais on dénombre quand même plus de 200 aéroports répartis dans tout le pays, souvent de taille modeste.
L’aéroport Ninoy Aquino se trouve à 7 km du centre de Manille. Des incidents et défaillances ont été constatés dans ces petits aéroports. Prévoir 200 pesos (3,30 €) de taxes d'aéroport pour les vols nationaux, 750 pesos pour les vols internationaux (seuls les règlements en pesos seront acceptés).
Des navettes desservent les principaux hôtels de la ville pour un prix très modique. Compter environ 200 à 300 pesos (3,40 à 5,10 €) le trajet en taxi pour rejoindre le centre-ville.
Depuis le 1er avril 2010, la Commission européenne interdit de circulation dans son espace aérien toutes les compagnies philippines.

Bateaux

C'est bien entendu un moyen de transport majeur aux Philippines. Des compagnies maritimes relient régulièrement Manille aux ports principaux. Des ferries et hydroglisseurs font la navette entre les îles principales et les îles mineures. On déconseille de prendre un ferry pendant la saison des pluies (de mai à décembre).
Pour relier îles (villes et plages) par la mer, on trouve partout des catamarans typiques, nommés bancas (sortes de pirogues motorisées) qui, pour une poignée de pesos, vous déposent sur le sable devant votre hôtel.
Attention, certaines compagnies ne respectent pas toutes les normes de sécurité. Les bateaux sont parfois vétustes et/ou surchargés. On évitera de prendre le ferry pendant la saison des pluies (mai à décembre), et on vérifiera les prévisions météorologiques avant de partir.
Voici les choses à prévoir avant de s’embarquer (surtout pour une longue traversée) : de quoi se couvrir à bord, car la climatisation fonctionne à plein régime ; des bouchons d'oreilles à cause de la télé hurlante.

Routes

Le réseau routier est en mauvais état et embouteillé (même en dehors des agglomérations). Des bus et des jeepneys (qui partent lorsqu'ils sont remplis) relient tout l’archipel. Les villes regorgent de solutions pour le transport urbain, des taxis nombreux aux pittoresques et bon marché tricycles couverts et customisés.
Mieux vaut éviter de prendre la route de nuit.

Location de véhicules

Toutes les grandes compagnies de location internationales sont présentes dans les grandes villes des Philippines, à Manille notamment, ainsi que dans les aéroports. Cependant, en raison du mauvais état du réseau routier, de l'intensité du trafic et de la conduite quelque peu brutale (voire risquée) des Philippins, il est quand même conseillé, pour quelques dollars de plus, de louer une voiture avec chauffeur.

Permis de conduire

Pour pouvoir louer une voiture, mieux vaut avoir un permis international.

Train

Sur Luzon, une ligne ferroviaire relie Manille à Naga.