On trouve quelques petits hôtels à prix raisonnables (certains étant même très économiques). La plupart sont sur l’île de Santa Cruz, qui dispose de la plus grande capacité.
On trouve également des pensions, ainsi que des possibilités de location d'appartement ou de logement chez l'habitant.

À Puerto Ayora, on trouve quelques petits hôtels curieusement bon marché pour les Galápagos, mais le confort et la vue restent toujours un luxe.
À Puerto Baquerizo Moreno, on trouve des hôtels à prix raisonnables mais pas toujours bien entretenus.
À Puerto Villamil, on trouve des hôtels de type familial bien meilleur marché qu'à Puerto Ayora.