Si vous pouvez ne pas rester à Jakarta, je pense que c'est mieux...
Pour le train + bac, pourquoi pas mais comme vous le dites ça va prendre du temps... Perso, je le ferais plutôt en avion en passant à côté du charme du train...
Pour un trip de 2 semaines, je pense que la région yogyakarta, solo est vraiment riche culturellement et les temples de Borobudur et Prabanan sont dans ce coin.
Sur Bali, si vous faites le tour de l'île vous perdrez beaucoup de temps et beaucoup de spots traditionnels sont plutôt dans l'intérieur des terres
Sur 2 semaines, je ferais 3/4 jours sur Java et le reste sur Bali
Mas : village spécialisé dans le travail du bois
Celuk : village spécialisé dans le travail des bijoux en argent
Besaki : le temple le plus important de Bali
Goa Gajah : une grotte amusante proche d'Ubud
Pura Tirta Empul : le temple des sources sacrés de Bali