J'ai une copine qui a testé K's house à Tokyo et qui m'a dit que c'était bien. Je crois qu'ils ont un site pour voir à quoi ça ressemble sinon il y a aussi le Kimi ryokan à Ikebukuro, j'ai vu des familles à 4 ds une chambre et ils sont très accueillants.
Sinon avec des ados peut être ne pas trop de déplacer surtout que Kyoto vaut plus que 3-4 jours... Vous pouvre en plus aller à eiga mura où on tourne les films de samurai ça leur plaira.
A Tokyo si vous allez à Nikko et kamakura ça vaut vraiment le coup, ce sont 2 villes de temples agréables. Pour les 2 le railpass n'est pas nécessaire. Pour Nara /Osaka non plus.
Pour les fans de mangas aller à Akihabara et chercher le bâtiment avec un gros pingouin dessus.. il est rempli de goodies.
Ensuite incontournable c difficile à dire, moi je peux passer la journée dans un temple mais en famille vous n'aurez peut être pas envie: à kyoto je dirais le Kyomizu dera et ses environs, Gion, Yasaka shrine.
Les jardins zen, le Kinkakuji, le bord de la rivière le soir pour faire des feux d'artifice.
A Tokyo les gothiques de Harajuku le week end et le Meiji jingu et puis Asakusa, Shibuya....
Comme guide le lOnely Planet est vraiment bien.
bonnes vacances!!!!