Dans les restaurants Tu trouveras généralement uns sélection de plats sans viande : "bezmasa jidla" (littéralement nourriture sans viande).
Tu y trouveras des plats à base de fromage comme le smazeny syr (fromage frit qu'il faut absolument goûter) et d'autres.
Des poissons sont généralement au menu mais coûtent plus cher : truite, thon, saumon, carpe...(mais il me semble qu'un poisson c'est de la viande non ? ;))
Je te conseille le restaurant Lehka Hlava : http://www.lehkahlava.cz/ qui jouit d'une très bonne location (près du pont Charles) d'une décoration très sympathique et d'une carte végétarienne grandiose. Tu vas te régaler.
Il y a aussi des restaurants exotiques qui proposent des plats sans viande comme le "karavansaray" sur le quai pas loin du théâtre national qui propose des plats libanais, indiens, jordanien très bons, mais effectivement ce n'est pas très tchèque !
Il existe d'autres restaurants végétariens mais je dois avouer que ma connaissance en le domaine est limiter car j'adore la viande (d'ailleurs je sais où trouver un excellent genoux de porc!)