expérience perso

Je ne peux te faire part que de mon expérince, sans prétention d'avoir fait le meilleur choix, mais sûr d'avoir fait le plus pratique (avec 2 enfants et 3 valises!)
Compte tenu du contexte et des intérêts de chaque quartier nous avons fait 2 hôtlels en 7 jours: 1 au Sud et et 1 au Nord.
Quand on arrice de Narita après 12h de vol et 1h30 de plus en train pour rejoindre Tokyo, il est pratique d'être près d'une gare desservie régulièrement par le Narita Express, et plien d'hotels autour.
Au sud, nous étions au Shinagawa Prince hotel (un peu usine mais très pratique...avec des enfants: piscine, aquarium, bowling...)
sur la ligne Yamanote empruntée par le Narita Express. La ligne Yamanote est une ligne JR donc gratuite avec le JR Pass. Elle tourne en boucle est passe par tout les grands centres d'intérêts.
Depuis Shinagawa, nous avons rayonné sur Shibuya, Harajuku, Yoyogi park (notre secteur préféré), puis Ginza, Roppongi, Odaiba (la baie), jardins impériaux, Tsukiji (marché aux poissons, y aller à 6h de matin)
Au Nord, nous étions sur Ikebukuro, au Crowne Metroplitan plaza (Cette gare est pratique pour reprendre l'avion à Narita).
Nous avons parcouru, Ueno (les musées et parcs), Asakusa, Akihabara (l'électronique), et Shinjuku.
Ces hotels sont dans ton budget mais il y a plien d'autres choix. Regarde les sites des agences parisiennes spécialisées. Elles ont des bases de données sur les hotels/ ryokans pour chaque grande ville:
Tu auras les prix et un bon choix pour comparer.

http://www.destinationjapon.fr/
http://www.voyjapon.net/

Harry